Tartu Maarja kirikul on olnud märkimisväärne roll Eesti rahva ja riigi kujunemisloos. 1833. aastal ühinesid Tartu Maarja koguduseks Tartu Maarja kihelkonna maarahva kogudus ning Tartu linna eestikeelne luterlik kogudus, moodustades ühtlasi esimese eestlaste koguduse. Maarja kirik valmis ja pühitseti koguduse pühakojaks 11. jaanuaril 1842 ning sellest kujunes kiiresti üks toonase Tartu vaimuelu keskusi. Koguduse liikmete hulka kuulusid mitmed rahvusliku ärkamisaja suurkujud, nende seas Johann Voldemar Jannsen, kes oli esimese üldlaulupeo idee ellukutsuja ja korraldaja. Kirjanik Ain Kaalep on nimetanud Tartu Maarja kirikut Eesti rahvuse sünnikohaks. Sümboolselt kinnitab seda ka asjaolu, et just Maarja kiriku tornist algas 1869. aastal pasunamänguga esimene üldlaulupidu. Seetõttu ei tähenda kiriku taastamine üksnes ajaloolise hoone ülesehitamist, vaid ka olulise osa Eesti rahvusliku identiteedi ja ajaloolise õigluse taastamist. Taastatud Tartu Maarja kirik saab olema koht, kus kohtuvad rikkalik ajaloopärand, elav kogudus ja vaimse tervise tugi, teenides nii Tartut kui kogu Eestit.